發(fā)酵工程，又稱(chēng)微生物工程。利用微生物的發(fā)酵作用，結(jié)合現(xiàn)代工程技術(shù)，或直接利用微生物反應(yīng)器，進(jìn)行大規(guī)模發(fā)酵生產(chǎn)。發(fā)酵產(chǎn)物既可以是微生物本身（單細(xì)胞蛋白），也可以是發(fā)酵過(guò)程的代謝物。

現(xiàn)代發(fā)酵工程不同于傳統(tǒng)的發(fā)酵工藝操作，它具有以下優(yōu)點(diǎn)：可以進(jìn)行連續(xù)發(fā)酵和半連續(xù)發(fā)酵；具有計(jì)算機(jī)控制實(shí)現(xiàn)高度自動(dòng)化；利用基因重組工程菌生產(chǎn)；可在45度左右加壓生產(chǎn)。

一般來(lái)說(shuō)，有工業(yè)用途的有機(jī)物的生產(chǎn)可以通過(guò)合成或發(fā)酵。生產(chǎn)哪種方法取決于它的經(jīng)濟(jì)效益。發(fā)酵生產(chǎn)，其原料多采用糖和淀粉；而化學(xué)合成，其原料主要是石油及其衍生物。也就是說(shuō)，應(yīng)考慮到原材料的成本，以及轉(zhuǎn)換和回收成本。只要發(fā)酵方法高于化學(xué)合成收率，成本較低，則應(yīng)采用發(fā)酵法從發(fā)酵設(shè)備中提取化學(xué)原料。發(fā)酵工程比傳統(tǒng)發(fā)酵技術(shù)更*。無(wú)論是做面包，奶酪，還是做葡萄酒，都有一個(gè)——發(fā)酵過(guò)程。